本廠隸屬於臺北市政府環境保護局,為該局所屬機關,置廠長、副廠長、秘書,下設3組5室,組織架構圖如下:
廠本部:包含廠長、副廠長、秘書。
本廠各單位職掌如下:
規劃檢修組:垃圾焚化作業與公害防治規劃、灰爐處置、機具器械保養維護及進廠車輛之管理等事項。
焚化控制組:垃圾焚化之運轉操作、污染防治及鍋爐、發電、儀表、電氣等設備之管理事項。
綜合庶務組:文書、印信典守、財產管理、庶務、出納及其他不屬各組、室事項。
職業安全衛生室:掌理勞工安全衛生業務之規劃、管理、督導及實施作業環境測定、教育訓練、健康檢查、職業災害統計等事項。
會計室:辦理歲計、會計事項,並兼辦統計事項。
人事室:辦理人事管理事項。
政風室:辦理政風事項。
技正室:辦理有關技術、資訊及環境教育等業務事項。

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