本廠隸屬於臺北市政府環境保護局,為本局所屬機關,置廠長、副廠長、秘書及正工程司,下設3組4室,組織架構圖如下:
廠本部:包含廠長、副廠長、秘書、正工程司、技士及技工。
本廠各單位職掌如下:
第一組:垃圾焚化作業與公害防治規劃、灰爐處置、機具器械保養維護及進廠車輛之管理等事項。
第二組:垃圾焚化之運轉操作、污染防治及鍋爐、發電、儀表、電氣等設備之管理事項。
第三組:文書、印信典守、財產管理、庶務、出納及其他不屬各組、室事項。
勞安室:掌理勞工安全衛生業務之規劃、管理、督導及實施作業環境測定、教育訓練、健康檢查、職業災害統計等事項。
會計室:辦理歲計、會計事項,並兼辦統計事項。
人事室:辦理人事管理事項。
政風室:辦理政風事項。